A Villányi út elején álló impozáns neobarokk stílusú épületről teljes joggal gondolhatnánk, hogy egy palota. Azonban valójában sosem szolgált nagynevű arisztokrata család lakhelyének, hanem iskola – vagy egy ízben átmeneti szükségkórház – volt. A Szent Margit Gimnázium története kicsit messzebbre nyúlik vissza ennél az épületnél, hiszen több helyszínen is működött. A kezdetek 1920-ra tehetők, amikor is az Isteni Megváltó Leányai Szerzeteskongregáció első főnöknője Steinmayr Stanislaa anya elhatározta, hogy Budapesten leánygimnáziumot létesít. 1920 szeptemberében 37 nyilvános és két magántanulóval kezdődött meg az oktatás a mai Váli utca és Fehérvári út sarkán álló elemi iskola egyik emeletén, amelyben világi tanárok tanítottak keresztény elvek alapján.

A névválasztás teljesen tudatos volt: Árpádházi Szent Margit vallásosságon, önzetlenségen, emberszereteten alapuló erényeit szerették volna átadni az új leánynemzedéknek. A végzősöket is azzal a mondattal búcsúztatták: „Erre a Margit-lángra vigyázzatok!” Az évek múlásával nőtt a diákok száma, és mikor elérte a 313-at, egyértelművé vált, hogy kinőtték az addigi épületet is. A gimnázium főnöknőjének, Gombos M. Gabriellának ekkor sikerült megszereznie a mai Villányi út 5-7. szám alatti telket, és 1930. március 19-én megindult az építkezés. A tervező dr. Fábián Gáspár műépítész volt, de maga Gabriella főnöknő is aktívan kivette részét a folyamatokból. Mindenből a legszebbet és legjobbat szerette volna, amelynek eredményét 1932-től élvezhették a diákok.

A leánygimnázium 10 termet, a líceum és német gimnázium 11 tantermet, a népiskola 2 tantermet kapott, de voltak itt szertárak, fedett uszoda, gyakorló konyha, könyvtár, és hatalmas kert sportpályákkal. Fontos szerepet kapott a nyelvoktatás, a latint felváltotta a német, és ezen kívül franciát vagy angolt tanulhattak a lányok. Tekintélyes iskola lett a Szent Margit Gimnáziumból, gyakran érkeztek külföldről látogatói.

A második világháború súlyos sebeket ejtett az épületen, az oktatást is csak kis kihagyással folytathatták, de ekkor már 12 általános iskolai osztály mellett 9 gimnáziumi és 4 líceumi osztály indulhatott. 1948-ban jött az államosítás és egy új név: Martos Flóra Gimnáziumként működött tovább az iskola, majd újabb váltás történt: a Kaffka Margit Gimnázium kezdte szépen lassan birtokba venni az épületet. A rendszerváltás után sikeresen megindult a harc a Szent Margit Gimnázium visszaszerzéséért: az egyházi oktatás 1996-ban indulhatott újra.