Területe már az ősidők óta lakott. Az újkőkorból, a vonaldíszes kultúra kései szakaszából kerültek elő emlékek, a későbbi időkből pedig egy ismeretlen korú földvár maradványai találhatók a környéken. A Bödön-kút dűlő területén a római korban villagazdaság volt. Csókakő középkori történelme szorosan összefonódik a fölé magasodó, erdők övezte sziklanyúlványon álló várral . 1299-ben említik először írások, de egy 1323-ból származó oklevél szerint már évtizedekkel korábban állhatott. A neve kezdetektől fogva Csókakő (Csoukaku) volt. A Csóka (Chowka) név egyesek szerint az István becenevének, az Istókának tovább becézéséből származik, valamelyik tulajdonosáról kaphatta, talán Csák Istvánról.

A vár építésére kiemelkedő földrajzi és stratégiai helyzete tette alkalmassá ezt a helyszínt, ugyanis itt, a Vértes előterében (a mai 81-es főúttól a hegységhez közelebb) haladt a Győrőn és Fehérváron is átvezető (hadi)út, melyet még a tihanyi alapítólevél is megemlített. A vár építését IV. Béla tatárjárás utáni rendelete indíthatta el. A Csákok vértesi uradalmi központja köré szerveződő várrendszer tagja volt és Fehérvár után a vármegye második legfontosabb erőssége lett. 1326-ban Csókakő királyi kézbe került. A vár katonai jelentősége fokozatosan csökkent, előtérbe került gazdasági szerepe, ezért Károly Róbert megnövelte a várbirtokhoz tartozó falvak számát. A későbbiekben Luxemburgi Zsigmond elzálogosította, így 1423-tól a Rozgonyiaké lett a vár használati joga. 1490-től ismét királyi tulajdon lett, majd II. Ulászló Corvin Jánosnak adományozta, aki három év múltán zálogba adta Egervári Lászlónak.

Ezt követően sokszor cserélt gazdát, birtokosai közt voltak a Törökök, a Bebekek, a Bakithok, a Kanizsayak, az Újlakiak és a Szapolyaiak is. 1534-ben Nádasdy Tamás tulajdonába került, és a családé maradt a török hódoltság végéig. 1543-–1687 között végvári helyzetbe került, de korszerűtlensége és kis létszámú (20–50 fő) helyőrsége miatt hol török, hol magyar kézen volt. A vár alatt zajlott az 1601. október 15-i sárréti csata, mikor a 13 ezer fős császári haderő győzelmet aratott a háromszoros török túlerővel szemben. Nádasdy Ferencnek a Wesselényi-féle összeesküvésben való részvétele miatti kivégzése után, 1671-ben birtokaival együtt Csókakő is a kincstárra szállt. 1678-ban Széchényi György kalocsai érsek kapta meg adományként, de később visszaszállt a koronára és 1691-től a Hochburg–Lamberg családé lett. A vár 1686-ban véglegesen visszakerült a magyarok kezébe. Az erősség még a XVIII. sz. folyamán is viszonylag jó állapotban volt, de elhagyottsága miatt lassú pusztulásnak indult, olykor előfordult, hogy kincskeresők kutattak a romok közt.

Régészeti kutatását Rómer Flóris kezdte el (ekkor már a turizmus kedvelt célpontja volt), de csak 1953-ban nyilvánították műemlékké. 1960–-1962 között megindultak a régészeti feltárások és a műemléki helyreállítások, de a közeli Tác (Gorsium) és a székesfehérvári koronázótemplom régészeti kutatásai miatt a várat ismét elhanyagolták, romlása pedig felgyorsult. Csak 1995-ben kezdődött meg az újbóli feltárása, helyreállítása napjainkban is tart. Csókakő község a fölötte álló várról kapta a nevét, de a középkorban ez a név kizárólag a várat illette, a település neve pedig Váralja, ill. Csókakőváralja volt.

Történelme folyamán mindenkori földesura a vár birtokosa volt. A plébániáját már a XIV. sz.-ban említették az írások. A török korban elnéptelenedett, új lakóit Lamberg gróf telepítette be. A falu megélhetését a szőlőművelés, valamint az állattenyésztés jelentette. 1772–-73-ban felépült Csókakő Szent Donátról elnevezett temploma, de csak 1788-ban lett önálló az egyháza, addig Bodajk filiája volt.