Esztergom északi részén, a Vízivárosban áll a XVIII. századi római katolikus templom, amely a Duna és a Kis-Duna elágazásának közvetlen közelében található. A templomot Vízivárosi templomként is emlegetik a helyiek.

A templomnak otthont adó városrész felépítését IV. Béla király 1239-ben engedélyezte. Akkori lakosai Róbert esztergomi érsek szolgálónépei voltak. A tatár támadások idején az akkor még Alsóvárosként ismert városrészt már valószínűleg árkok, palánkok vették körül. A városfal 1342-44 közötti megépítése Telegdi Csanád érsek nevéhez fűződik.

A XVI. század végén a mai templom helyén egy torony nélküli templom állt, mely az 1600-as évek elején már toronnyal is rendelkezett. Ez a templom azonban a török hódoltság idején elpusztult. 1683 után a keresztény hívek a a nagy valószínűséggel Szent István-templomból lett Mehme dzsámit alakítottak vissza templomukká. 3 évvel később jezsuiták jelentek meg a Vízivárosban, akik 1728-1738 között felépítették a Loyolai Szent Ignác-templomot. Főoltárát és mellékoltárait Baumgartner Bernát jezsuita szobrász faragta 1735 és 1737 között, a belső díszítést pedig a jezsuita rendi segítőtestvérek készítették el. A Szent Ignác megdicsőülését és csodáit bemutató főoltárképet Martino Altomonte festette 1737-ben. A Petrus Ross tervezte templom mellé rendházat is építettek. A templomnak ebben az időben még csak a tetőzet magasságáig érő tornyai voltak, ugyanis a várparancsnok nem engedte magasabbra építeni őket, hogy ne akadályozza a várbeli tüzérséget az esetlegesen bekövetkező háború során.

1773-ban XIV. Kelemen pápa feloszlatta a jezsuita rendet, aminek következtében a templom előbb a pálosok, később a bencések tulajdonába került. Mária Terézia 1788-ban Batthyány József esztergomi érseknek adományozta a templomot, amit az érsek plébániatemplomnak nevezett ki. Ekkor épült fel a templom két homlokzati tornya is Feigler Ferenc tervei alapján, ám a ma látható toronysisakok csak 1870-ben kerültek a helyükre.

1820. július 1-én Rudnay Sándor prímás ideiglenesen érseki főszékesegyháznak nyilvánította a Loyolai Szent Ignác-templomot, ami az is maradt egészen 1865-ig, a Bazilika felszenteléséig.

A templom déli oldalán álló káptalani sekrestyét 1846-ban építették, ekkor került a sekrestye mellől mai helyére a templom előtt álló Mária-szobor, amit 1740-ben az előző évben történt pestis emlékére készítettek.

A II. világháború során több bombatalálat is érte a templomot, amelynek következtében szentélyboltozata beszakadt, berendezése, szószéke és orgonája tönkrement, csak egy-két szobor élte túl a súlyos csapást.

1957-1958-ban építették újjá a templomot, ma is látható formájában, 1980-ban pedig belső festését is helyreállították. A templombelsőt 1996-ban, a külsőt 2013-ban újították fel legutóbb.