A régészeti leletek tanúsága szerint a terület ősidők óta lakott, ez Magyarország legrégebben lakott területe. A több mint 70 000 éves, paleolit kori leletek azt bizonyítják, egyike Európa legrégebben lakott területeinek is. Első ismert lakói a kelta gotinok, de a honfoglaló magyarok már kevert etnikumú lakosságot találtak ezen a vidéken. A mai diósgyőri vár helyén a honfoglalás előtt már földvár állt.

A hely a Miskóc nemzetségről kapta nevét, elsőként Anonymus említi ezen a néven a Gesta Hungarorumban 1173 körül. A Miskóc nemzetség, amely 1312-ben veszítette el a területet, mert Csák Máté pártjára álltak Károly Róberttel szemben. A király a Széchy-családnak adományozta a birtokot. Ők szereztek Miskolcnak először bíráskodási és vásártartási jogokat.

Miskolcot  Nagy Lajos király emelte városi rangra, mezővárossá nyilvánította 1365-ben, nagyjából ugyanabban az időben, amikor a közeli diósgyőri várat felújíttatta. A király egyben a diósgyőri koronauradalomhoz is csatolta a várost, amely egészen 1848-ig királyi tulajdonban állt. A település gyors fejlődésnek indult, a XV. század végén már 2000 lakosa volt, a török hódoltság idején azonban a fejlődés lelassult. 1544-ben a törökök felégették a várost és behódolásra kényszerítették. Miskolcot egészen az 1687-es felszabadulásig adóztatta a török, bár a diósgyőri várat már 1674-ben sikerült visszafoglalni. A város ebben az időszakban vált fontos bortermelő központtá és a XVII. század végére már 13 céh is működött itt. 

A szabadságharc idején Rákóczi fejedelem Miskolcon rendezte be főhadiszállását 1704. januártól márciusig. 

Miskolc volt az 1886-os közigazgatási rendezés után a Trianon előtti Magyarország egyetlen városa, mely rendkívül dinamikus növekedésének köszönhetően rendezett tanácsú városból törvényhatósági jogú várossá tudott átalakulni 1909-ben.