1899-ben ült össze a Múzeum-Egyesület akkor még csak alakuló közgyűlése, akik egy múzeum létrehozásán fáradoztak. Haan Lajos evangélikus lelkész és történetíró érméket és régészeti anyagokat gyűjtött, és már az 1860-as évektől kezdve egy helyi múzeum megalapítására törekedett. Gyűjteményét 1874-ben adományozta oda a gyulai múzeumnak, mely ezáltal megyei múzeummá fejlődött. 

Munkácsy Mihály nagybátyja, Reök István úgy vélte, a leendő békéscsabai múzeumnak a helyi kultúrával megismertető néprajzi és történeti tárgyakat kellene bemutatnia. Hozzá hasonlóan gondolkodott Zsilinszky Mihály, későbbi vallás- és közoktatásügyi minisztériumi államtitkár és Bartóky Lászlóné is, aki az 1880-as években adományaival járult hozzá a Múzeum-Egyesület gyűjteményének létrehozásához.

A békéscsabai múzeum megalapításához szükséges megfelelő társadalmi és gazdasági feltételeket a XIX. század végére érték el, Varságh Béla gyógyszertár tulajdonos és Zsilinszky Mihály segítségével.

A Múzeum-Egyesület 15 éves fennállása alatt összeszedett egy akkora gyűjteményt, mely elég volt egy nagyobb múzeum kialakításához, emellett pedig megfelelő szakembereket neveltek ki, és 1914-re felépítették a Közművelődés Házát, amelynek nevét 1951-ben Munkácsy Mihály Múzeumra változtatták. 

Az első Munkácsy relikviák az 1900-as évek első felében kerültek a múzeum gyűjteményébe. 

A rendszerváltás után egyre több nemzetközi kapcsolatra tett szert a múzeum vezetősége, – például az Arad Megyei Múzeummal, a Szlovák Nemzeti Múzeummal, a nagyváradi Körös-vidéki és a tőketerebesi Honismereti Múzeummal – ezekkel pedig olyan együttműködési szerződést kötöttek, melynek köszönhetően több kiállítás cseréjére, közös kutatómunkára került sor az évek folyamán. 

A világ legnagyobb Munkácsy-gyűjteményét magáénak tudható békéscsabai Munkácsy Mihály Múzeum épületében átfogó és korszerű természettudományi, régészeti, néprajzi és történeti kiállítások mellett gyermekfoglalkoztató helyiség és műhely (pl. tűzzománc-égető kemence, fazekaskorong), háromdimenziós vetítőterem, óriási akvárium, több tucat érintőképernyő, valamint hangvezérléses, többnyelvű tárlatvezető rendszer várja a látogatókat. 

Az intézmény kiemelkedő műtárgy-együttese a festményekből és relikviákból álló Munkácsy-gyűjtemény, melynek alapját a festő özvegyének végrendelete szerint az 1930-as évek elején a gyűjteménybe került műtárgyak képezik. 

A múzeum honlapja: www.munkacsy.hu