Dunaszekcső már a római korban lakott volt. Erről legfőképpen az előkerült leletek tesznek tanúbizonyságot. A Duna vize és a mellette fekvő erdőségek biztos megélhetést jelentettek az itt letelepedők számára.  A római katonák meg­je­le­né­se­kor nagy kiterjedésű kelta te­le­pet ta­lál­tak  a Duna mellett húzódó dombokon (a Du­na­szek­cső és Bá­ta kö­zöt­ti te­rü­le­ten).  

A mohácsi vészt követően a sziget jelentősége átmenetileg megnőtt. A földesurak elmenekültek, az ottmaradó jobbágyoknak pedig a mocsár és a nádasok nyújtottak menedéket. A török hódoltság idején sok kár érte a falut; a lakóházak elpusztultak, lakói közül pedig csak azok maradtak életben, akiknek sikerült az óvóhelyekre menekülni.

Ezután szép lassan fejlődésnek indult a község. A gazdasági elkülönülés mellett fontos fordulópontot jelentett a helyi oktatás megszervezése, az első általános iskola létesítése. 

A szekcsői lakosok közül nem mindig és nem mindenki tudta iskoláztatni a gyermekeit, a természet viszontagságai olykor beleszóltak abba, hogy hogyan jussanak el az iskolákba. Gyakran csak a gazdag szülők gyermekei tudtak bejárni, a szegény lakosok gyermekei inkább jó időben, ősszel és tavasszal tudtak iskolába járni. Éppen ezért a szigeten igen magas volt az analfabéták száma. 1907 novemberében népiskola nyílt a szigeten, ahol 1918-1920 között csupán időszakos oktatás folyt. 

Az 1950-es évekig sem villany, sem kiépített úthálózat nem volt a faluban

Ma a települést közel ezren lakják.

Dunafalva 1954-ben alakult meg, ekkor vált önálló községgé, Dunaszekcsőnek a Duna bal oldalán fekvő külső részeiből.